일반생물학실험 | PyMOL을 이용한 Protein Modeling

 

 

 

TIP

 

 

BIOINFORMATICS (Bioinformaticsoinformatics)란 무엇인지 알고 PyMOL를 이용한 단백질 분석법을 알아보자.

 

 

 

생물정보학 – BIOINFORMATICS (Bioinformaticsoinformatics)

Bioinformaticsoinformatics는 생명공학(Bioinformaticso)과 정보학(informatics)의 합성어로 컴퓨터 프로그램을 이용해 각종 생명정보를 처리하는 학문으로 방대한 생물의 유전자 정보를 분석하기 위한 학문이다. 그래서 BIOINFORMATICS는 방대한 양의 생명정보의 정확하고 신속한 처리를 위하여 여러 학문이 직접적으로 혹은 간접적으로 연결된 분야이다. 최근 인간 게놈 프로젝트 (human genome project)가 완성됨에 따라 늘어난 유전정보의 체계적 관리의 중요성 증가하였다. 이때 해석한 방대한 양의 유전학적 정보들을 처리하기 위하여 BIOINFORMATICS의 중요도 또한 점점 높아지고 있는 추세이다.

 

또한 현재의 BIOINFORMATICS는 실험 생물학 연구를 원활히 수행할 수 있도록 돕는 것을 주 목적으로 하고 있으나 가까운 미래에 데이터로부터 새로운 생물학적 의미를 부여하는 것이 더 큰 목적으로 부각될 것이다. 현재 대량의 생물학 정보의 해석을 위한 BIOINFORMATICS는 데이터 분석용 알고리즘 및 프로그램의 개발과 데이터와 관련 지식들을 정리하고 분석하는 부분으로 나눌 수 있다. 예를 들면 인간의 유전자 서열 데이터 베이스를 빠르고 정확하게 검색하는 것도 중요하지만 생물학적 지식 없이는 그 결과를 해석하는 것은 불가능 하다.

 

그러나 현재 기술의 발달로 인하여 우리가 알 수 있는 인간의 유전자 서열 데이터 베이스의 양은 점점 증가하면서 그 기능을 알지 못하는 서열들 또한 점점 늘고 있다. 이것은 인간이 알 수 있는 생물학적 정보의 양이 점점 증가하는 것이 우리가 해석할 수 있는 생물학적 지식이 점점 더 많이 축적되는 것을 의미하는 것은 아니다. 그러므로 현재 BIOINFORMATICS는 생물학적 정보를 해석할 수 있는 새로운 생물학 실험의 진행을 중심으로 발전하고 있다. 또한 이와 함께 생물학적 정보들을 이용하여 기능을 예측할 수 있도록 데이터 베이스를 가공하는 것에도 점점 관심이 몰리고 있는 추세이다.

 

 

PyMol

PyMOL은 python으로 개발 된 molecular 3D visualization 유료 소프트웨어이며, www.pymol.org에서 구매할 수 있다. 오픈 소스 소프트웨어이기 때문에 사용자가 소스를 스스로 컴파일 하는 경우에는 무료로 사용 가능하다. 또한, PyMol은 워렌 라이포드 델라노에 의해 개발되었으며, 과학과 교육공동체에 널리 받아들여지는 유용한 도구들을 만들어내기 위해 만들어진 개인 소프트웨어기업인 델라노사이언티픽에 의해서 상업화된 오픈 소스, 사용자지원의 분자시각화 시스템이다. 이것은 단백질과 같은 거대분자에서 작은 분자에 이르기까지 고질의 3차원 이미지를 만들도록 잘 제작되어 있다. 제작자에 따르면, 출판된 과학논문의 단백질 3차원 영상의 25% 정도는 파이몰을 이용해서 만들어졌다. PyMol은 구조생물학에서 유용하게 사용되는 몇 안되는 오픈 소스 시각화 도구 중 하나이다. PyMol의 파이라는 부분은 이 소프트웨어가 파이썬으로 제작되었으며, 파이썬을 이용해 확장기능을 작성하는 것이 가능하다는 것을 나타낸다.

 

 

 

 

[일반생물학실험]PyMOL을 이용한 Protein Modeling 레포트