반응형 일반생물학실험 | Plasmid DNA - 전기영동 TIP 1. 제한효소를 통해 절단된 plasmid DNA를 전기영동을 통해 확인한다. 2. 전기영동을 함으로써 그 원리와 방법을 익히도록 한다. DNA 전기영동 DNA를 크기에 따라 분리하기 위해 DNA 전기영동을 하는 것이다. DNA는 기본골격에 있는 인산기 때문에 전기영동에 사용되는 완충용액 속에서 (-)전하를 띠고 있어서 두 전극 사이에 위치해 있을 때 50V～100V 정도의 전류를 흘려주게 되면 (+)극 쪽으로 움직이게 된다. 이 때 gel은 그물모양으로 엮여있기 때문에 DNA 분자가 gel을 통과하는 속도는 분자량이 커질수록 늦어지며 젤의 밀도가 클수록 늦어진다. 또한 DNA의 분자량이 같더라도 구조에 따라서 움직이는 속도가 다르다. 예를 들면 supercoil된 DNA는 선형 DNA 보다 빠르.. Biology/일반 | 세포 생물학 2024. 2. 6. 일반생물학실험 | 전기 영동 실험 배경 전기영동의 원리는 단백질 분자들은 표면의 여러 부위에 양전하 또는 음전하를 띄고 있어, 단백질 혼합액 속에 전극을 설치하고 직류전압을 가하면 음극 또는 양극으로 이동하게 된다. 이처럼 전기장 안에서 하전된 입자가 양극 또는 음극 쪽으로 이동하는 현상을 전기영동이라고 한다. 이동하는 속도는 입자의 전하량, 크기와 모양, 용익의 pH와 점성도, 용액에 있는 다른 전해질의 농도와 이온의 세기, 지지체의 종류등 여러가지 요인에 따라 결정된다. 이러한 성질에 의해 전기영동법은 아미노산, 뉴클레오티드, 단백질 등과 같은 하전된 물질들을 분리하거나 분석하는데 매우 효과적인 방법으로 이용된다. 전기영동법은 여러 종류가 있는데, 첫 번째로는 이동계면 전기영동법이다. 두 번째는 띠 전기영동법이다. 이 방법은 적.. Biology/일반 | 세포 생물학 2024. 1. 22. 유전학실험 | Restriction enzyme digestion Treatment of Restriction Enzymes 제한효소를 이용한 절단은 적절한 반응조건하에서 DNA와 효소를 incubation시킴으로써 간단히 수행할 수 있다. 염 농도, pH, 반응온도, DNA 및 효소의 양 등이 효소반응의 변수로 작용한다. 제한효소의 1 Unit는 지정된 buffer와 지정한 온도에서 1시간 동안 λ DNA 1㎍을 완전히 분해하는데 필요한 양을 나타낸다. 1) 멸균한 200㎕ microtube에 다음과 같은 비율로 잘 혼합한다. 2) 37℃ incubator에서 약 2시간 정도 반응시킨다. 3) 전기영동하여 확인한다. 실험 방법 1. Protocol 1) 37℃ incubator에서 약 2시간 반응시킨 후 전기영동하여 확인한다. Plasmid DNA 16㎕ 10X R .. Biology/유전학 2024. 1. 9. 분자생물학실험 | Restriction digestion TIP 1. Plasmid DNA를 restriction enzyme(제한효소)로 처리하여 restriction enzyme의 특성과 plasmid의 특성을 이해한다. 2. Agarose gel 전기영동의 원리를 이해하고, 크기와 모양에 따른 DNA의 위치를 통하여 제한효소 지도를 작성한다. 실험 배경 restriction enzyme은 특이성에 따라 DNA의 특정한 site를 찾아서 잘라준 다. 이 실험에서 쓰이는 enzyme은 DNA상에서 특정한 site를 인식하여 T 와 C사이의 phosphodiester bond를 끊어준다. 그렇게 끊어주면 circular한 plasmid DNA는 잘려서 linear한 형태로 나타난다. agarose gel electrophoresis은 DNA 조각을 분리하고 인.. Biology/분자생물학 2023. 5. 17. 화공생물공학실험 | DNA 제한효소 TIP Lambda DNA를 임의의 제한효소로 절단하고, 이를 전기영동을 하여 사용된 제한효소의 기작 및 DNA의 대략적인 구조를 분석한다. 제한효소 DNA의 특정한 염기배열을 식별하고 이중사슬을 절단하는 엔도뉴클레아제(핵산분해효소의 하나)로서 유전공학에서 재조합 DNA를 만들기 위해서 사용하는 특수한 효소이다. 제한효소는 그 특성(절단양식이나 활성발현인자 등)에 의해 Ⅰ, Ⅱ, Ⅲ형의 3군(群)으로 대별된다. Ⅰ형효소는 활성발현에 ATP, S-아데노실메싸이오닌 및 마그네슘이온(Mg2+)을 필요로 하고, DNA 속의 인식염기배열로부터 떨어진 부위를 절단하는데 그 위치는 일정하지 않다. Ⅱ형효소는 유전공학에서 널리 사용되는 것으로 활성발현에 마그네슘이온을 필요로 하여 DNA분자의 특정한 염기배열을 인식하고.. Engineering/화학생물공정 2023. 2. 2. 일반생물학실험 | 전기영동을 이용한 플라스미드의 결정 TIP 전기영동을 이용하여 각 시료를 분석하고 제한 효소로 처리된 플라스미드 벡터의 크기를 이용하여 플라스미드의 종류를 알아내는 것이다. 서론 전기영동은 주로 생체 고분자들의 성질을 연구하고, 그것들을 분석, 분리, 정제하는 중요한 방법 중의 하나이다. 전기영동은 DNA, RNA나 단백질 같은 것들이 고유의 전하를 띠고 있고, 그것들이 어떤 전기장에 놓이게 되면 이동할 수 있다는 사실을 기본으로 하고 있다. 이러한 물질들의 이동 정도는 각 물질의 크기나 모양 그리고 전하에 따라 달라진다. 즉, 크기가 큰 물질은 크기가 작은 물질보다 더 천천히 겔을 통과하기 때문에 크기에 따라 물질들이 분리된다. 본 실험에서 사용한 아가로오스는 해상도는 낮지만 아주 넓은 범위(200bp-50kb)의 DNA나 RNA 시료를.. Biology/일반 | 세포 생물학 2022. 12. 25. 미생물해양학실험 | PCR TIP 1. PCR과 전기영동법을 이해하고 증폭된 DNA를 관찰하기 위해 실험을 시행함. 2. PCR의 기본 원리와 필요한 성분 및 방법에 대해 조사해보자. 먼저 PCR을 우리말로 바꾸면 중합효소연쇄반응이다. 중합효소연쇄반응(PCR)은 관심 있는 DNA서열을 수백만 벌이나 신속히 생성할 수 있는 기술로, 대장균이나 효모 같은 생물을 쓰지 않고 일정한 Cycle을 반복하여 DNA의 양을 증폭시키는 기술이다. 이 기술은 사람의 게놈과 같은 매우 복잡하며 양이 지극히 미량인 DNA 용액에서 연구자가 원하는 특정 DNA 단편만을 선택적으로 증폭시킬 수 있다. 또한 증폭에 필요한 시간이 2시간 정도로 짧으며, 실험 과정이 단순하고, 전자동 기계로 증폭할 수 있다. 특정 DNA 서열을 증폭하기 위한 방법을 고안하여.. Biology/미생물학 2022. 10. 13. 보건환경미생물학실험 | Observation of the expressed protein via SDS-PAGE TIP SDS-PAGE를 통해서 미생물이 발현한 단백질을 크기로서 구분해내고자 한다. 2-D electrophoresis 후에 그 튜브는 수직판 겔의 윗부분과 수평적으로 위치하고 단백질의 그 튜브 밖으로 나와서 크기에 따라 분리되는 젤로 이동한다. 그것이 2-D gel이며, SDS가 사용되고, 계면활성제는 단백질의 소수성 부위에 붙어 모두 음전하를 만든다. 단백질은 같은 전하이므로 전하보다는 M.W.에 의해 분석된다. 음전하를 띠는 단백질은 양전하 쪽으로 이동한다. 실험 방법 1. IPTG Induction 1) pPSC1(pPROEX-1 + pnrB)가 도입되어 있는 E. coli BL21을 LB에서 37℃ overnight로 배양한다. 2) 계대배양으로 pPSC1 : LB를 1:100 또는 1:50으.. Engineering/환경 | 토양 | 폐기물처리 공학 2022. 10. 11. 보건환경미생물학실험 | Isolation and electrophoresis of the chromosomal DNA TIP 보통 E. Coli에서 염색체 DNA를 분리해 내 전기 영동하여, 종을 구별하거나 DNA를 확인할 때 쓸 수가 있다. 본 실험은 어떤 sample이 PCR이 잘 되어 증폭된 DNA로서, DNA band를 구성할 지 확인하고, 그 sample을 이용하기 위함이다. 1. Chromosmomal DNA 원핵생물에 있어서는 genomic DNA에 속한다. 원핵생물의 염색체를 말하며, haploid circular DNA다. 그리고 대부분은 sing chromosome으로 구성되어 있고, 일부는 2개의 염색체로 되어 있다. 2. Lysozyme Fleming이 발견한 가수분해효소로서, 원핵생물의 N-아세틸무람산과 N-아세틸글루코사민 사이의 β-1,4 글루코시드결합을 가수분해한다. 대장균에서 plasmid를.. Engineering/환경 | 토양 | 폐기물처리 공학 2022. 10. 7. 생화학실험 | PCR과 전기영동 TIP PCR은 아주 소량의 시료로도 우리가 원하는 DNA 서열을 엄청난 양과 높은 정확도로 증폭시킬 수 있다. 전기영동은 전하를 띤 분자화합물에 일정한 전압을 걸어주어 분자량, 전하량등의 물리화학적 성질의 차이에 따라 분리시키는 방법이다. PCR 정의 PCR(polymerase chain reaction, 중합효소 연쇄반응)이란 DNA polymerase를 이용하여 원하는 부위의 DNA를 선택적으로 대량 복제 하는 방법이다. 1983년 PCR이 고안되어 적은 양으로 존재하는 DNA서열 탐지와 cloning이 가능하게 되었다. 방법은 표적 DNA서열의 증폭(amplification)에 기초를 두고 있다. 증폭하고자 하는 DNA내 표적 strand 3' 말단에 상보적인 두 개의 특정 oligonucleot.. Biology/생화학 2022. 10. 5. 화공생명공학기초실험 | 염색체 DNA의 정제 및 분석 TIP 박테리아로부터 염색체 DNA를 분리, 정제 하는 과정에서 각 시약과 Enzyme의 작용과 실험과정을 이해하고 PCR과 전기영동법에 대해 알아보며 장치의 조작 방법을 습득한다. DNA는 생명체의 모든 유전정보를 가지고 있는 하나의 거대한 정보저장물질이다. 이러한 DNA를 분석하기 위해선 다량의 DNA를 확보하는 기술이 중요한데 1984년 Kery M㎕lis에 의해 PCR이라는 방법이 도입된 이래 원하는 부분만큼의 DNA부분을 증폭시킬 수 있는 기술이 확보 되었다. 본 실험에서는 DNA를 정제하여 PCR을 이용해 다량 증폭시키고 Agarose gel 전기영동법을 이용하여 DNA를 분석해본다. 실험 방법 1. 세포에서의 DNA추출 1) OD가 1.0이 조금 넘은 배양 세포를 마이크로 튜브에 넣고, 10.. Engineering/화학생물공정 2022. 10. 2. 일반생물학실험 | Plasmid 분리 실험 & Agarose gel을 이용한 plasmid 전기영동 TIP E.coli를 배양해 플라스미드를 분리하고, 분리한 플라스미드를 직접 만든 Agarose gel을 이용하여 전기 영동한다. 전기영동의 원리 DNA 젤 전기영동 방법은 DNA를 크기에 따라 분리하는 간단한 방법이다. 50V-100V 정도의 전류를 장치에 흘려보낸다. DNA는 기본골격에 있는 인산기 때문에 전기영동에 사용되는 완충용액 속에서 (-)전하를 띠고 있으며 따라서 두 전극 사이에 위치해 있을 때 (+)극 쪽으로 움직이게 된다. 이 때 DNA 분자가 젤 매트릭스를 통과하는 속도는 분자량이 커질수록 늦어지며 젤의 밀도가 클수록 늦어진다. 또한 DNA의 분자량이 같더라도 구조에 따라서 움직이는 속도가 다르다. 예를 들면 supercoil된 DNA는 선형 DNA보다 빠르게 움직이는 것으로 알려져 있.. Biology/일반 | 세포 생물학 2022. 10. 1. 미생물생리학실험 | Plasmid Vector 추출 TIP 다양한 vector의 종류 및 쓰임, 추출방법을 익히고, plasmid 추출 kit를 이용하여 직접 plasmid를 추출해본다. Alkaline Lysis 원리 높은 pH의 Alkaline 용액 상태에서 염색체 DNA와 plasmid DNA의 크기 및 topology에 의해 염색체 DNA와 혼합된 상태로부터 plasmid DNA만 분리한다. Alkaline 상태의 Anionic detergent 용액에서 detergent에 의해 세포가 용해된 후 염색체 DNA 와 plasmid DNA 모두 Alkaline 용액에 노출되면 두 형태의 DNA는 모두 변성된다. 이후 산성용액을 혼합하면 염색체 DNA는 크기가 너무 커서 변성 전 정상적인 Topology로 복원되지 못하고 더욱 엉기는 반면 Plasmid.. Biology/미생물학 2022. 9. 24. 세포생물학실험 | SDS-Page TIP SDS-PAGE는 DNA를 전기영동으로 분리하여 크기를 알아보듯이 단백질도 SDS를 이용하여 전하는 모두 잃게 하고 크기에 의해 분리되게 만들어 전기영동을 통해 단백질의 크기를 알아본다. Sodium dodecyl sulfate-polyacryamide gel electrophoresis (SDS-PAGE)는 단백질을 정제하는 동안 이를 monitor하고, 정제된 단백질의 동질성(homogeneity)을 알기 위한 가장 좋은 방법이다. SDS-PAGE는 일반적으로 단위체의 분자량을 결정하고, 정제된 단백질의 단위체 구성을 알기 위해 사용된다. SDS-PAGE는 더 깊은 연구를 위한 충분한 단백질을 얻기 위해 scale up될 수 있다. 실험 방법1. 실험 과정1) 각 lane 별로 30㎕.. Biology/일반 | 세포 생물학 2022. 4. 30. 일반생물학실험 | DNA Electrophoresis TIP 전기영동의 의미를 이해하고 DNA의 크기 및 구조에 따른 결과차이를 이해한다. Agarose gel에 DNA와 loading dye를 넣고 전기를 걸어주면 DNA는 인산기 때문에 매질을 타고 양전하 방향으로 움직이게 된다. 이때 움직이는 속도는 DNA의 크기에 다라 다르므로 매질 내에서 종류에 따라 분리하게 되며 전기영동은 DNA의 크기에 따른 분리를 한다. DNA 전기영동의 원리와 특성 전기영동은 dna와 같은 전하를 띤 물질을 크기에 따라 구분하기 위해 사용되는 기술이다. Dna는 인산기로 인해 음전하를 띄기 때문에 전류가 가해졌을 때 gel안에서 이동할 수 있다. 이 때 gel은 한쪽에 양전하와 반대쪽에 음전하가 가해져 DNA가 이동할 수 있게 되어있다. DNA크기가 작을수록 gel을 더 빠.. Biology/일반 | 세포 생물학 2021. 10. 28. 일반생물학실험 | 단백질 추출과 전기 영동 TIP 1. 전기영동(electrophoresis)은 단백질을 크기차이를 이용하여 구별하는 방법이다. 2. 본 실험의 목적은 전기영동을 이용해 단백질의 크기를 알아보고, 서로 다른 샘플과 비교하여 그 양상을 비교해보는 데 있다. 단백질의 구조 1. 1차 구조 : primary structure라고도 합니다. 유전자로부터 전사(transcription)를 거쳐 mRNA가 되고, mRNA로부터 해독(translation)된 사슬형 아미노산 서열(linear amino acids)을 말한다. 아미노산간에 공유결합을 이루고 있으며, 이를 펩타이드 결합이라고 한다. 2. 2차 구조(secondary structure) : alpha helix, beta sheet, beta turn, random coil등으로 .. Biology/일반 | 세포 생물학 2021. 8. 6. 일반생물학실험 | DNA 추출과 전기영동 TIP DNA 추출법을 알고, 전기영동의 원리를 이해한다. DNA 추출 1. Plasmid 세균의 세포 내에 염색체와는 별개로 존재하면서 독자적으로 증식할 수 있는 DNA로, 고리 모양을 띠고 있으며 세균의 생존에 필수적인 유전자는 아니다. 유전공학에서는 세균 내 플라스미드를 세포 밖으로 빼내고 제한효소로 끊은 뒤, 필요로 하는 유전자를 삽입하여 이를 다시 세균에 넣어 배양하는 유전자재조합 기술을 사용한다. 2. Plasmisd의 특징 ① 복제기점(original of replication)을 갖기 때문에 증식할 수 있다. ② 항생제 내성 유전자(antibiotic resistance gene)을 가져 selection marker로 사용될 수 있다. ③ Multi cloning site(MCS)가 존재.. Biology/일반 | 세포 생물학 2021. 5. 1. 분자생물학실험 | 6X His tagged eGFP 단백질의 정제와 분석 실험 방법 1. 실험 과정 재조합 단백질(6X His tagged eGFP)의 발현과 정제를 위한 실험이다.먼저 GFP 발현하기 위해서 첫번째로 BL21 inoculation을 진행한다. 균을 다루는 실험(접종/배양)에서는 오염 방지를 위해 알코올 램프 위에서 진행한다. LB 5㎖을 시험관에 넣고, 여기에 Kanamycin 5㎕을 넣어준다. Loop를 살균하고 plate 뚜껑에서 식힌 후에 미리 spreading 해둔 BL21 plate(pET28a::egfp)에서 colony를 pick한다. BL21 inoculation completed라고 라벨링을 한 후에 37℃ shaking incubator에서 배양액에 공기의 공급이 잘 되게 튜브를 비스듬히 넣고 Overnight cultivation시킨다. .. Biology/분자생물학 2021. 3. 28. 이전 1 2 3 다음 반응형
