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  일반생물학실험 | 혈액에서 DNA 추출 TIP  1. 혈액에서 DNA를 추출한다 2. 중합효소 연쇄반응(polymerase chain reaction; PCR) 산물을 만든다.   PCRDNA 사슬 중에서 목적하는 일부분만을 대량으로 증폭시키는 방법으로 뮬리스에 의해 고안된 방법이다. 처음에는 대장균에서 분리한 DNA 중합효소 I을 사용하였으므로 사이클이 지날 때마다 효소를 첨가해야 하는 불편 때문에 널리 이용되지 않았으나 사이키가 높은 온도에서도 그 활성이 없어지지 않는 Taq DNA 중합효소를 발견한 후 실험방법이 보편화되었다.   실험 방법1. 시작하기 전에1) 프로테아제 K 1병을 뉴클레아제 프리워터 1,250pl에 완전히 녹인다.2)  WA1 버퍼에 30㎖ absolute ethanol 넣는다. 2. 전혈에서 DNA 추출 1)  단백.. Biology/일반 | 세포 생물학 2024. 7. 2.

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  유전학실험 | Restriction enzyme digestion Treatment of Restriction Enzymes 제한효소를 이용한 절단은 적절한 반응조건하에서 DNA와 효소를 incubation시킴으로써 간단히 수행할 수 있다. 염 농도, pH, 반응온도, DNA 및 효소의 양 등이 효소반응의 변수로 작용한다. 제한효소의 1 Unit는 지정된 buffer와 지정한 온도에서 1시간 동안 λ DNA 1㎍을 완전히 분해하는데 필요한 양을 나타낸다. 1) 멸균한 200㎕ microtube에 다음과 같은 비율로 잘 혼합한다. 2) 37℃ incubator에서 약 2시간 정도 반응시킨다. 3) 전기영동하여 확인한다. 실험 방법 1. Protocol 1) 37℃ incubator에서 약 2시간 반응시킨 후 전기영동하여 확인한다. Plasmid DNA 16㎕ 10X R .. Biology/유전학 2024. 1. 9.

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  미생물해양학실험 | PCR TIP 1. PCR과 전기영동법을 이해하고 증폭된 DNA를 관찰하기 위해 실험을 시행함. 2. PCR의 기본 원리와 필요한 성분 및 방법에 대해 조사해보자. 먼저 PCR을 우리말로 바꾸면 중합효소연쇄반응이다. 중합효소연쇄반응(PCR)은 관심 있는 DNA서열을 수백만 벌이나 신속히 생성할 수 있는 기술로, 대장균이나 효모 같은 생물을 쓰지 않고 일정한 Cycle을 반복하여 DNA의 양을 증폭시키는 기술이다. 이 기술은 사람의 게놈과 같은 매우 복잡하며 양이 지극히 미량인 DNA 용액에서 연구자가 원하는 특정 DNA 단편만을 선택적으로 증폭시킬 수 있다. 또한 증폭에 필요한 시간이 2시간 정도로 짧으며, 실험 과정이 단순하고, 전자동 기계로 증폭할 수 있다. 특정 DNA 서열을 증폭하기 위한 방법을 고안하여.. Biology/미생물학 2022. 10. 13.

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  보건환경미생물학실험 | Isolation and electrophoresis of the chromosomal DNA TIP 보통 E. Coli에서 염색체 DNA를 분리해 내 전기 영동하여, 종을 구별하거나 DNA를 확인할 때 쓸 수가 있다. 본 실험은 어떤 sample이 PCR이 잘 되어 증폭된 DNA로서, DNA band를 구성할 지 확인하고, 그 sample을 이용하기 위함이다. 1. Chromosmomal DNA 원핵생물에 있어서는 genomic DNA에 속한다. 원핵생물의 염색체를 말하며, haploid circular DNA다. 그리고 대부분은 sing chromosome으로 구성되어 있고, 일부는 2개의 염색체로 되어 있다. 2. Lysozyme Fleming이 발견한 가수분해효소로서, 원핵생물의 N-아세틸무람산과 N-아세틸글루코사민 사이의 β-1,4 글루코시드결합을 가수분해한다. 대장균에서 plasmid를.. Engineering/환경 | 토양 | 폐기물처리 공학 2022. 10. 7.

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  생화학실험 | PCR과 전기영동 TIP PCR은 아주 소량의 시료로도 우리가 원하는 DNA 서열을 엄청난 양과 높은 정확도로 증폭시킬 수 있다. 전기영동은 전하를 띤 분자화합물에 일정한 전압을 걸어주어 분자량, 전하량등의 물리화학적 성질의 차이에 따라 분리시키는 방법이다. PCR 정의 PCR(polymerase chain reaction, 중합효소 연쇄반응)이란 DNA polymerase를 이용하여 원하는 부위의 DNA를 선택적으로 대량 복제 하는 방법이다. 1983년 PCR이 고안되어 적은 양으로 존재하는 DNA서열 탐지와 cloning이 가능하게 되었다. 방법은 표적 DNA서열의 증폭(amplification)에 기초를 두고 있다. 증폭하고자 하는 DNA내 표적 strand 3' 말단에 상보적인 두 개의 특정 oligonucleot.. Biology/생화학 2022. 10. 5.

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  화공생명공학기초실험 | 염색체 DNA의 정제 및 분석 TIP 박테리아로부터 염색체 DNA를 분리, 정제 하는 과정에서 각 시약과 Enzyme의 작용과 실험과정을 이해하고 PCR과 전기영동법에 대해 알아보며 장치의 조작 방법을 습득한다. DNA는 생명체의 모든 유전정보를 가지고 있는 하나의 거대한 정보저장물질이다. 이러한 DNA를 분석하기 위해선 다량의 DNA를 확보하는 기술이 중요한데 1984년 Kery M㎕lis에 의해 PCR이라는 방법이 도입된 이래 원하는 부분만큼의 DNA부분을 증폭시킬 수 있는 기술이 확보 되었다. 본 실험에서는 DNA를 정제하여 PCR을 이용해 다량 증폭시키고 Agarose gel 전기영동법을 이용하여 DNA를 분석해본다. 실험 방법 1. 세포에서의 DNA추출 1) OD가 1.0이 조금 넘은 배양 세포를 마이크로 튜브에 넣고, 10.. Engineering/화학생물공정 2022. 10. 2.

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  생화학실험 | Polyacrylamide Gel Electrophoresis TIP 폴리아크릴아미드 젤 영동법에 대해 알고, 만드는 방법을 익힌 후 PCR을 통하여 밴드를 비교해본다. PAGE(Polyacrylamide Gel Electrophoresis)는 Acrylamide와 bis-acrylamide를 중합시켜서 형성된 gel을 이용하여 전기영동을 하는 것으로, 단백질 입자가 acrylamide의 공극 사이를 지나가게 됨으로써 입자가 큰 것은 진행속도가 더디고, 입자가 작은 것은 진행 속도가 빠르게 되며, 같은 크기의 이바이면 하전량이 많은 것이 더 빨리 이동하게 되는 원리를 이용하여 일정시간 동안 움직인 거리에 의해 단백질 종류를 구분하는 방법이다. SDC 등을 사용하지 않으므로 nondenaturing gel electrophoresis 또는 native gel elec.. Biology/생화학 2022. 9. 30.

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  분자생물학실험 | Quantitative Real Time Polymerase Chain Reaction(qRT-PCR) TIP 추출된 RNA로 합성한 cDNA를 이용하여 RT-PCR을 진행하고, 특정 유전자의 mRNA 발현량을 비교하여 sample을 평가한다. Housekeeping gene의 이용 housekeeping gene이란 세포에서 높은 수준으로 항상 발현되어 유지되는, 세포 생명활동에 필수적인 기능을 수행하는 유전자의 총칭이다. 외부 자극에 의해 발현이 크게 변하지 않는 특성이 있으며 대표적으로 액틴 단백질, 리보솜 단백질, GAPDH(Glyceraldehyde –3-phosphate dehydrogenase) 등이 있다. housekeeping gene은 높은 수준으로 발현되는, 즉 실험에서 넣어준 만큼 발현되기 때문에 PCR에서 특정 유전자의 전사 발현을 양적으로 비교할 때 대조군과 실험군에서 총 RNA .. Biology/분자생물학 2021. 11. 21.

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  일반생물학실험 | DNA Electrophoresis TIP 전기영동의 의미를 이해하고 DNA의 크기 및 구조에 따른 결과차이를 이해한다. Agarose gel에 DNA와 loading dye를 넣고 전기를 걸어주면 DNA는 인산기 때문에 매질을 타고 양전하 방향으로 움직이게 된다. 이때 움직이는 속도는 DNA의 크기에 다라 다르므로 매질 내에서 종류에 따라 분리하게 되며 전기영동은 DNA의 크기에 따른 분리를 한다. DNA 전기영동의 원리와 특성 전기영동은 dna와 같은 전하를 띤 물질을 크기에 따라 구분하기 위해 사용되는 기술이다. Dna는 인산기로 인해 음전하를 띄기 때문에 전류가 가해졌을 때 gel안에서 이동할 수 있다. 이 때 gel은 한쪽에 양전하와 반대쪽에 음전하가 가해져 DNA가 이동할 수 있게 되어있다. DNA크기가 작을수록 gel을 더 빠.. Biology/일반 | 세포 생물학 2021. 10. 28.

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  일반생물학실험 | Genomic DNA 추출 및 PCR Genomic DNA는 긴 이중사슬로서, 세포의 핵 내에 존재하고 있다. Genomic DNA의 추출은 DNA를 파손시키지 않고, 추출하여 정제도가 높은 DNA를 얻는 것이 중요하며, 정제도에따라 DNA분석에 큰 영향을 미친다. DNA추출 방법 중 하나인 Phenol-Chloroform추출법은 생화학에서 사용되는 liquid-liquid 추출기법이다. 이것은 분자생물학 분야에서 DNA, RNA, 단백질 분리시 많이 사용되는 방법 중 하나이다. 각각 같은 양으로 구성되어 있는 페놀-클로로포름 혼합용액에 액체상테의 샘플을 섞어주면, 두 층으로 분리된 혼합용액이 만들어진다. 이 방법은 1987년 Piotr chomczynski와 Nicoletta Sacchi에 의해 처음 고안되었다. 원심분리에 의해 두 층으로.. Biology/일반 | 세포 생물학 2021. 4. 28.

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  분자생물학실험 | Competent cell을 통한 형질전환효율 측정 그리고 전기영동 실험 방법 1. 실험 과정 200㎖의 LB 배지를 만들기 위해서 먼저 가장 양이 많은 160㎖의 DIW(Deionized Water)를 비커에 채우고 용액을 섞기 위한 magnetic bar도 같이 넣어준다. 그리고 1%의 농도가 되도록 NaCl 2g을 넣고 0.5%의 Yeast extract가 되도록 1g을 넣는다. Tryptone도 1%가 되도록 2g만큼 넣어준 후에, magnetic bar로 섞는다. 이후 200㎖까지 남은 양은 DIW로 채워준다. 이후 멸균을 위해서 15분 동안 121에서 15psi로 autoclave를 시키고 끝나면 4에 둔다. 이후에 있을 실험을 위해서 agar plate가 필요하므로, Ampicillin과 Kanamycin agar plate를 만들어야 한다. 먼저 1000㎖.. Biology/분자생물학 2021. 3. 24.

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  일반생물학실험 | PCR & Molecular Cloning PCR 1. Primer design 원리 목표로 하는 DNA 시퀀스의 시작과 끝부분에 상보적으로 결합해서 DNA 중합효소가 DNA 중합을 시작할 수 있도록 '시발체' 역할을 해주는 짧은 다염기체이다. DNA 복제에 primer가 필요한 이유는 과정을 촉매하는 효소인 DNA중합효소가 이미 존재하는 유전자 가닥에 새로운 nucleotide를 붙이는 역할만 할 수 있기 때문이다. DNA중합효소는 primer의 3'end에서 시작하여 반대편 가락을 복제한다. 목표 시퀀스에 상보적인 아무 염기서열이나 마구잡이로 정해서 primer를 만드는 게 아니라 이 primer의 염기 구성이 어떠냐에 따라서 PCR의 효율이 큰 영향을 받기 때문에 최적의 primer를 만들기 위해서는 갖춰야 할 조건들이 있다. 먼저 길이는 .. Biology/일반 | 세포 생물학 2021. 1. 26.

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  일반생물학실험 | PCR(Polymerase Chain Reaction) TIP PCR과 전기영동법을 이해하고 증폭된 DNA를 관찰하기 위해 실험을 시행한다. PCR(Polymerase Chain Reaction) 중합효소 연쇄반응(polymerase chain reaction, PCR)은 1983년 Kary Mullis에 의해 고안 되었는데 이는 80년대 제한효소의 발견에 의한 Gene Cloning법에 이어 90년대를 화려 하게 장식한 생명공학 연구의 혁명적인 사건이다. PCR은 특정 DNA 부위를 특이적으로 반복 합성하여 시험관내에서 원하는 DNA 분자를 증폭시키는 방법으로서, 아주 적은 양의 DNA를 이용하여 많은 양의 DNA 합성이 가능하므로 분자 생물학적으로 제한효소의 발견만큼 획기적인 것이라고 할 수 있다. 중합효소 연쇄반응을 통하여 in vitro상에서 특정 부.. Biology/일반 | 세포 생물학 2020. 12. 20.

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  화학공학실험 | DNA 정제 및 분석 TIP 박테리아로부터 염색체 DNA를 분리․정제 하는 과정에서 각 시약과 Enzyme의 작용과 실험과정을 이해하고 PCR과 전기영동법에 대해 알아보며 장치의 조작 방법을 습득한다. Central dogma 유전정보(genetic information)는 DNA에 의해 암호화되어 저장되며, DNA 복제(replication)에 의해 다음 세대로 전달된다. 또한 전사(transcription)의 과정을 통해 DNA에 있던 유전정보는 RNA로 옮겨가고 다시 번역(translation)의 과정을 거치면서 만들어진 단백질(protein)에 의해 유전정보가 실체화되어 몸속에서 기능을 하게 된다. 이처럼 유전정보는 DNA에서 RNA, 단백질로 전환되면서 생명활동을 유지시키는데 필수적인 유전정보의 흐름을 형성하는데 이.. Engineering/화학 공학 | 단위조작 | 유체역학 2020. 6. 7.

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  화공기초실험 | 염색체 DNA의 정제 및 분석 Agarose gel의 전기영동법 단백질이나 핵산 등의 고분자물질은 전하를 띄므로 이를 기초로 하여 이들 분자를 전기장에서 이동 분리시켜 이들의 순도나 성질의 분석 및 분리 등에 사용하는 방법을 전기영동법이라고 한다. 전기영동에서 하전 분자의 이동 방향은 그 분자가 갖는 전하의 부호에 의하여 결정되지만, 전기영동에서 고분자를 움직이는 힘은 전장의 세기(E)이다. 전기영동에 필요한 세가지 성분은 1)전하를 띤 입자, 2)전장, 3)이동이 일어날 수 있는 medium이다. 본 실험에서 DNA분자를 사용했는데 이는 DNA 골격 축에 존재하는 인산 때문에 전기적으로 음전하를 뛰어서 전기장에 놓일 때 양전극을 향해 이동하게 된다. 이때 이동하는 속도는 1)분자의 net electric charge, 2)분자의 크.. Engineering/화학 공학 | 단위조작 | 유체역학 2020. 5. 6.

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  일반생물학실험 | DNA 추출 및 PCR TIP 쥐의 근육세포에서 DNA를 추출하여 중합효소 연쇄반응(polymerase chain reaction : PCR) 실험에 이용할 product를 만들고 전기영동으로 그 결과를 확인한다. DNA 복제 DNA가 단백질의 아미노산 배열순서를 결정하는 것은 먼저 DNA 2중나선의 일부분이 풀리고, 풀린 두 외가닥 사슬의 어느 한쪽 사슬에서 전령 RNA(messenger RNA:mRNA)가 만들어진다. 이 mRNA는 DNA와 마찬가지로 염기-펜토오스-인산으로 된 뉴클레오티드의 기다란 연결체인데 펜토오스가 리보오스이며, 염기의 종류가 A,G,C 그리고 U(DNA의 T 대신 U이다)인 점이 다르다. 또 DNA처럼 2중나선이 아니고 외가닥 사슬로만 존재한다. DNA의 한 쪽 가닥 위에서 만들어진 mRNA는 그 염.. Biology/일반 | 세포 생물학 2020. 4. 22.

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  분자생물학실험 | DNA 서열 구분 TIP 본 실험에서는 DNA 서열 안에 어떤 서열과 정보가 담겨있는지 알아내는 과정이다. 생물 정보학 생물 정보학이란 분자생물학분야에 컴퓨터과학을 적용한 학문이다. 일반적으로 DNA와 단백질 서열의 분석과 서로 다른 서열의 비교를 위한 정렬, 단백질 3차 구조를 만들어 보여준다. 특히 대량의 DNA 서열분석에 이용되고 있다. 수많은 생물의 정보 중에 필요한 정보를 얻어 내는 기술은 아주 유용하다. 예를 들면, 감기에 걸렸는데 감기를 낫게 해줄 약이 필요합니다. 하지만 많은 생물 중에 어떤 것이 감기를 낫게 해주는 것인지 모르지요. 이 때 생물 정보학이 사용됩니다. 많은 데이터 중에 필요한 정보를 뽑아 줍니다. 우리는 그 정보를 가지고 임상실험을 해본 후 약을 만들고 병을 낫게 해줍니다. Central D.. Biology/분자생물학 2020. 3. 31.

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  분자생물학실험 | E.coli 에서의 GFP발현 유도 TIP 원하는 유전자(GFP)를 plasmid를 이용하여 bacteria에서 발현시켜 볼 수 있다. GFP(Green Fluorescent Protein) Bioluminescent jellyfish (해파리) Aequorea victoria는 특징적인 초록 형광을 낸다. 이것은 칼슘-결합 광단백질 (calcium-binding photoprotein)과 green fluorescent protein (GFP)의 두 단백질에 의한 것이다. 최근 10년 동안 GFP는 생화학과 분자 생물학 분야에서 가장 흥미로운 단백질의 하나로 여겨져 왔다. GFP는 발광하는 특성 때문에 정량적인 측정이 쉬워서 박테리아에서 형체 전이 마우스에 이르기까지 광범위한 생명체내에서 우리가 연구하고자 하는 유전자가 언제 어디서 얼마.. Biology/분자생물학 2020. 3. 21.