분자생물학개론 | Edman degradation

 

 

 

TIP

 

 

1. Edman Sequencing의 개요
2. 왜 Edman Sequencing 이 분석과정에 필요한가?
3. Edman degradation 실험 과정
4. Edman Protein Sequencing의 분석에서의 장점
5. Edman Protein Sequencing 의 분석에서의 단점
6. Edman Sequencing에 단백질 분자량에 따른 필요한 단백질 양
7. N-terminal Blocking에 영향을 주는 아미노산
8. PVDF membrane blotting시 - MeOH의 적정 농도
9. Sequencing 분석 결과가 나오지 않을 때, 고려해야할 몇가지 사항

 

 

 

펩타이드나 단백질의 N-말단 아미노산을 결정하는 방법으로 N-말단을 페닐 아이소사이아네이트(C₆H₅N=C=S)로서 처리하고, 산으로 끊은 뒤 생성된 페닐싸이오히단토인(PTH)유도체를 확인하는 과정을 거친다. Edman 분해법는 단백질의 1차 구조를 분석하는 목적으로 광범위하게 쓰이는 방법이다. PTC(phenylisothiocyanate)법이라고도 하며 그 반응을 아래의 그림에 나타내었다.

 

 

Phenylisothiocyanate(PTC)를 pH 8∼9, 실온에서 peptide와 반응시키면 N-말단이 thiocarbamyl화 된 PTC-peptide가 얻어진다. 이것을 산성조건하, 예를 들어 trifluoroacetate(CF₃COOH)와 반응시키면 N-말단 아미노산만 thiazoline 유도체로서 유리하고 나머지의 단백질부분은 분해하지 않고 남는다.

 

Thiazoline 유도체는 이어서 환상구조를 만들어 PTH(phenylthiohydantoin)가 된다. PTH 아미노산은 ethylacetate로 추출하여 각종 크로마토그래피로 동정할 수 있다. 미분해로 남은 peptide 또는 단백질은 계속해서 다음의 N-말단 동정에 사용할 수 있다. 최근에는 이 일련의 반응을 자동화한 장치(peptide sequencer)도 시판되고 있으며 조건이 맞으면 N-말단으로부터 60 아미노산잔기 정도는 단기간에 배열을 결정할 수 있다.

 

∙ 이탈된 PTH로부터 N-말단 아미노산의 구조를 알 수 있다.

 

∙ 짧아진 peptide 사슬은 두번째 Edman 분해가 가능하다.

 

∙ 연속적으로 N-말단 아미노산을 절단하면서 분석한다.

 

∙ peptide 사슬을 구성하는 아미노산의 연결 순서를 알 수 있다.

 

∙ Edman 분해법의 주요 시약은 Phenylisothiocyanate이다.

 

Edman degradation을 이용한 아미노산 서열분석은 분자 수준에서 단백질을 연구하는데 있어서 중요한 기술의 하나입니다.

 

 

 

Edman degradation 레포트