반응형 일반생물학실험 | Plasmid DNA - 전기영동 TIP 1. 제한효소를 통해 절단된 plasmid DNA를 전기영동을 통해 확인한다. 2. 전기영동을 함으로써 그 원리와 방법을 익히도록 한다. DNA 전기영동 DNA를 크기에 따라 분리하기 위해 DNA 전기영동을 하는 것이다. DNA는 기본골격에 있는 인산기 때문에 전기영동에 사용되는 완충용액 속에서 (-)전하를 띠고 있어서 두 전극 사이에 위치해 있을 때 50V～100V 정도의 전류를 흘려주게 되면 (+)극 쪽으로 움직이게 된다. 이 때 gel은 그물모양으로 엮여있기 때문에 DNA 분자가 gel을 통과하는 속도는 분자량이 커질수록 늦어지며 젤의 밀도가 클수록 늦어진다. 또한 DNA의 분자량이 같더라도 구조에 따라서 움직이는 속도가 다르다. 예를 들면 supercoil된 DNA는 선형 DNA 보다 빠르.. Biology/일반 | 세포 생물학 2024. 2. 6. 분자생물학실험 | Restriction digestion TIP 1. Plasmid DNA를 restriction enzyme(제한효소)로 처리하여 restriction enzyme의 특성과 plasmid의 특성을 이해한다. 2. Agarose gel 전기영동의 원리를 이해하고, 크기와 모양에 따른 DNA의 위치를 통하여 제한효소 지도를 작성한다. 실험 배경 restriction enzyme은 특이성에 따라 DNA의 특정한 site를 찾아서 잘라준 다. 이 실험에서 쓰이는 enzyme은 DNA상에서 특정한 site를 인식하여 T 와 C사이의 phosphodiester bond를 끊어준다. 그렇게 끊어주면 circular한 plasmid DNA는 잘려서 linear한 형태로 나타난다. agarose gel electrophoresis은 DNA 조각을 분리하고 인.. Biology/분자생물학 2023. 5. 17. 화공생물공학실험 | DNA 제한효소 TIP Lambda DNA를 임의의 제한효소로 절단하고, 이를 전기영동을 하여 사용된 제한효소의 기작 및 DNA의 대략적인 구조를 분석한다. 제한효소 DNA의 특정한 염기배열을 식별하고 이중사슬을 절단하는 엔도뉴클레아제(핵산분해효소의 하나)로서 유전공학에서 재조합 DNA를 만들기 위해서 사용하는 특수한 효소이다. 제한효소는 그 특성(절단양식이나 활성발현인자 등)에 의해 Ⅰ, Ⅱ, Ⅲ형의 3군(群)으로 대별된다. Ⅰ형효소는 활성발현에 ATP, S-아데노실메싸이오닌 및 마그네슘이온(Mg2+)을 필요로 하고, DNA 속의 인식염기배열로부터 떨어진 부위를 절단하는데 그 위치는 일정하지 않다. Ⅱ형효소는 유전공학에서 널리 사용되는 것으로 활성발현에 마그네슘이온을 필요로 하여 DNA분자의 특정한 염기배열을 인식하고.. Engineering/화학생물공정 2023. 2. 2. 보건환경미생물학실험 | Isolation and electrophoresis of the chromosomal DNA TIP 보통 E. Coli에서 염색체 DNA를 분리해 내 전기 영동하여, 종을 구별하거나 DNA를 확인할 때 쓸 수가 있다. 본 실험은 어떤 sample이 PCR이 잘 되어 증폭된 DNA로서, DNA band를 구성할 지 확인하고, 그 sample을 이용하기 위함이다. 1. Chromosmomal DNA 원핵생물에 있어서는 genomic DNA에 속한다. 원핵생물의 염색체를 말하며, haploid circular DNA다. 그리고 대부분은 sing chromosome으로 구성되어 있고, 일부는 2개의 염색체로 되어 있다. 2. Lysozyme Fleming이 발견한 가수분해효소로서, 원핵생물의 N-아세틸무람산과 N-아세틸글루코사민 사이의 β-1,4 글루코시드결합을 가수분해한다. 대장균에서 plasmid를.. Engineering/환경 | 토양 | 폐기물처리 공학 2022. 10. 7. 일반생물학실험 | 플라스미드의 분리 TIP 세균 DNA를 구성하고 있는 염색체와 플라스미드의 차이를 알고, 이론을 바탕으로 한 플라스미드 DNA를 분리한다. 플라스미드 세균의 세포 내에 염색체와는 별개로 존재하면서 독자적으로 증식할 수 있는 환형 DNA분자로서, 고리 모양을 띠고 있으며 세균의 생존에 필수적인 유전자는 아니다. 다른 세균세포에서도, 발현이 가능하기 때문에 유전공학에서는 세균 내 플라스미드를 세포 밖으로 빼내고 제한효소로 끊은 뒤, 필요로 하는 유전자를 삽입하여 이를 다시 세균에 넣어 배양하는 유전자재조합 기술을 사용한다. 실험 방법 1. 실험 과정 1) 8.000rpm에서 3분 동안 원심분리를 통해 세포를 채취한다. 2) 박테리아 세포 알갱이들을 Buffer P1 250㎕으로 재부유 시킨다. 3) Buffer P2 250㎕.. Biology/일반 | 세포 생물학 2022. 10. 4. 화공생명공학기초실험 | 염색체 DNA의 정제 및 분석 TIP 박테리아로부터 염색체 DNA를 분리, 정제 하는 과정에서 각 시약과 Enzyme의 작용과 실험과정을 이해하고 PCR과 전기영동법에 대해 알아보며 장치의 조작 방법을 습득한다. DNA는 생명체의 모든 유전정보를 가지고 있는 하나의 거대한 정보저장물질이다. 이러한 DNA를 분석하기 위해선 다량의 DNA를 확보하는 기술이 중요한데 1984년 Kery M㎕lis에 의해 PCR이라는 방법이 도입된 이래 원하는 부분만큼의 DNA부분을 증폭시킬 수 있는 기술이 확보 되었다. 본 실험에서는 DNA를 정제하여 PCR을 이용해 다량 증폭시키고 Agarose gel 전기영동법을 이용하여 DNA를 분석해본다. 실험 방법 1. 세포에서의 DNA추출 1) OD가 1.0이 조금 넘은 배양 세포를 마이크로 튜브에 넣고, 10.. Engineering/화학생물공정 2022. 10. 2. 일반생물학실험 | Plasmid 분리 실험 & Agarose gel을 이용한 plasmid 전기영동 TIP E.coli를 배양해 플라스미드를 분리하고, 분리한 플라스미드를 직접 만든 Agarose gel을 이용하여 전기 영동한다. 전기영동의 원리 DNA 젤 전기영동 방법은 DNA를 크기에 따라 분리하는 간단한 방법이다. 50V-100V 정도의 전류를 장치에 흘려보낸다. DNA는 기본골격에 있는 인산기 때문에 전기영동에 사용되는 완충용액 속에서 (-)전하를 띠고 있으며 따라서 두 전극 사이에 위치해 있을 때 (+)극 쪽으로 움직이게 된다. 이 때 DNA 분자가 젤 매트릭스를 통과하는 속도는 분자량이 커질수록 늦어지며 젤의 밀도가 클수록 늦어진다. 또한 DNA의 분자량이 같더라도 구조에 따라서 움직이는 속도가 다르다. 예를 들면 supercoil된 DNA는 선형 DNA보다 빠르게 움직이는 것으로 알려져 있.. Biology/일반 | 세포 생물학 2022. 10. 1. 분자생물학실험 | Agarose gel electrophoresis TIP 일정한 pH의 전해질 용액 중에 단백질과 같은 입자를 부유시켜 전기장 내에 놓으면 이 입자는 전하를 띠어 반대 전극으로 이동하는데 이 현상을 전기영 동이라 하고 Agarose gel electrophoresis를 실험하자. 겔 전기영동 겔은 콜로이드(colloid) 용액이 굳어진 상태를 말하는 것이다. 전기영동이란 말은 전기적인 힘에 의해 전하를 띤 입자가 이동하는 것을 가리키는 표현이다. 따라서 겔 전기영동은 전류를 흘려주어서 전하를 가진 입자가 겔 내부에서 이동하여 분리되도록 하는 기술이다. DNA 나 RNA의 경우 주로 아가로스를 사용하고, 단백질의 경우 폴리아크릴아마이드 등을 굳혀서 겔을 만든다. 구조나 크기 등 입자의 성질에 따라서 겔을 통과하여 이동하는 속도가 달라지게 된다. 겔에 홈을.. Biology/분자생물학 2022. 9. 30. 세포생물학실험 | SDS-Page TIP SDS-PAGE는 DNA를 전기영동으로 분리하여 크기를 알아보듯이 단백질도 SDS를 이용하여 전하는 모두 잃게 하고 크기에 의해 분리되게 만들어 전기영동을 통해 단백질의 크기를 알아본다. Sodium dodecyl sulfate-polyacryamide gel electrophoresis (SDS-PAGE)는 단백질을 정제하는 동안 이를 monitor하고, 정제된 단백질의 동질성(homogeneity)을 알기 위한 가장 좋은 방법이다. SDS-PAGE는 일반적으로 단위체의 분자량을 결정하고, 정제된 단백질의 단위체 구성을 알기 위해 사용된다. SDS-PAGE는 더 깊은 연구를 위한 충분한 단백질을 얻기 위해 scale up될 수 있다. 실험 방법1. 실험 과정1) 각 lane 별로 30㎕.. Biology/일반 | 세포 생물학 2022. 4. 30. 일반생물학실험 | DNA Electrophoresis TIP 전기영동의 의미를 이해하고 DNA의 크기 및 구조에 따른 결과차이를 이해한다. Agarose gel에 DNA와 loading dye를 넣고 전기를 걸어주면 DNA는 인산기 때문에 매질을 타고 양전하 방향으로 움직이게 된다. 이때 움직이는 속도는 DNA의 크기에 다라 다르므로 매질 내에서 종류에 따라 분리하게 되며 전기영동은 DNA의 크기에 따른 분리를 한다. DNA 전기영동의 원리와 특성 전기영동은 dna와 같은 전하를 띤 물질을 크기에 따라 구분하기 위해 사용되는 기술이다. Dna는 인산기로 인해 음전하를 띄기 때문에 전류가 가해졌을 때 gel안에서 이동할 수 있다. 이 때 gel은 한쪽에 양전하와 반대쪽에 음전하가 가해져 DNA가 이동할 수 있게 되어있다. DNA크기가 작을수록 gel을 더 빠.. Biology/일반 | 세포 생물학 2021. 10. 28. 일반생물학실험 | 제한효소를 통한 DNA 분해와 전기 영동 TIP 추출해낸 DNA를 제한 효소를 사용하여 여러 개의 DNA 조각으로 분리한 후, 전기영동을 통하여 원하는 DNA 분자가 유입되었는지를 확인한다. 본 실험에는 DNA를 제한 효소로 절단하는 과정이 포함되어 있다. 제한 효소는 원래 세균이 침투한 외래 DNA를 변형 및 파괴시키기 위하여 존재하는 효소이다. 그러나 이 제한 효소는 그 세균의 DNA도 절단할 수도 있기 때문에 그것을 방지하기 위해 세균은 자신의 DNA에 메틸화(methylation)을 하는 등의 방법을 통해 자신의 DNA를 보호한다. 제한 효소는 이중 나선 구조로 된 DNA의 회문식 염기서열, 즉 앞으로 읽으나 뒤로 읽으나 염기서열이 같은 모양을 하고 있는 특징적인 염기서열을 인식하여 절단한다. 잘린 후의 DNA 말단의 모양은 두 종류가 .. Biology/일반 | 세포 생물학 2021. 2. 1. 화학공학실험 | DNA 정제 및 분석 TIP 박테리아로부터 염색체 DNA를 분리․정제 하는 과정에서 각 시약과 Enzyme의 작용과 실험과정을 이해하고 PCR과 전기영동법에 대해 알아보며 장치의 조작 방법을 습득한다. Central dogma 유전정보(genetic information)는 DNA에 의해 암호화되어 저장되며, DNA 복제(replication)에 의해 다음 세대로 전달된다. 또한 전사(transcription)의 과정을 통해 DNA에 있던 유전정보는 RNA로 옮겨가고 다시 번역(translation)의 과정을 거치면서 만들어진 단백질(protein)에 의해 유전정보가 실체화되어 몸속에서 기능을 하게 된다. 이처럼 유전정보는 DNA에서 RNA, 단백질로 전환되면서 생명활동을 유지시키는데 필수적인 유전정보의 흐름을 형성하는데 이.. Engineering/화학 공학 | 단위조작 | 유체역학 2020. 6. 7. 화공기초실험 | 염색체 DNA의 정제 및 분석 Agarose gel의 전기영동법 단백질이나 핵산 등의 고분자물질은 전하를 띄므로 이를 기초로 하여 이들 분자를 전기장에서 이동 분리시켜 이들의 순도나 성질의 분석 및 분리 등에 사용하는 방법을 전기영동법이라고 한다. 전기영동에서 하전 분자의 이동 방향은 그 분자가 갖는 전하의 부호에 의하여 결정되지만, 전기영동에서 고분자를 움직이는 힘은 전장의 세기(E)이다. 전기영동에 필요한 세가지 성분은 1)전하를 띤 입자, 2)전장, 3)이동이 일어날 수 있는 medium이다. 본 실험에서 DNA분자를 사용했는데 이는 DNA 골격 축에 존재하는 인산 때문에 전기적으로 음전하를 뛰어서 전기장에 놓일 때 양전극을 향해 이동하게 된다. 이때 이동하는 속도는 1)분자의 net electric charge, 2)분자의 크.. Engineering/화학 공학 | 단위조작 | 유체역학 2020. 5. 6. 분자생물학실험 | RNA Isolation and analysis TIP 세포에서 RNA를 추출하기 위해서 RNA를 RT–PCR 하여 cDNA 상태로 만들고 cDNA를 PCR 하여 sample을 loading 하고 band를 확인하기 위함이다. RNA 추출 원리 포유세포는 보통 한 세포 당 10-5㎖ RNA를 포함하고 있으며 이 중 80∼85%가 rRNA, 15∼20% 가 tRNA, 1∼5%가 mRNA로 이루어져 있다. 리보솜 RNA나 tRNA 등은 일정한 크기와 염기서열을 가 지고 있기 때문에 전기영동, 초 원심 분리 및 크로마토그래피에 의해 순수하게 분리할 수 있는 반면, mRNA는 크기도 다양하고 많은 종류가 혼합되어 있기 때문에 한 종류의 mRNA를 순수 분리하기가 쉽지 않다. 그러나 진핵세포 mRNA는 3말단에 poly(A)를 가지고 있기 때문에 리보솜 RNA.. Biology/분자생물학 2020. 2. 10. 분자생물학실험 | 제한효소 처리 및 Agarose gel에서 DNA 회수 TIP 본 실험에서는 플라스미드 DNA를 이용한 제한효소처리를 통하여, 이론적으로만 배웠던 제한효소의 반응원리를 실제로 수행하였다. 이를 통해 서로 다른 제한효소의 특성을 이해하고, 제한효소 반응 시 고려해야 할 점을 알아보았다. 그리고 Agarose gel 전기영동 결과를 관찰해 봄으로서 절단된 DNA 조각들의 크기를 알아보고 제한효소 처리가 잘 되었는지 확인해보았다. 또한 DNA 분자에서 여러 제한효소의 인식염기서열의 상대적인 위치를 알 수 있으므로 제한효소 지도를 작성해 보고자 한다. 유전자 클로닝이나 재조합, DNA의 생화학적 연구, 유전자의 구조 연구나 유전자의 발현 조절 연구의 기본이 되는 유전자 조작 기술에는 DNA의 절단과 연결, DNA 증폭이나 RNA 합성 또는 특별한 작용기의 첨가와 제.. Biology/분자생물학 2020. 1. 27. 미생물실험 | Mini-Prep (Hybrid-Q Plasmid Rapid prep Kit) Mini Prep DNA-isolation에 있는 원리 중 하나로 Plasmid DNA분리에 사용되는 방법이며 많은 후보를 빠른 시간 내에 분석하는 방법이다. Prep은 Prepartion의 약자.DNA를 소량으로 추출한다는 의미. 주로 이용되는 Alkylation lysis(denaturation)법과 boiling method, Iithium method법이 있다. DNA와 plasmid의 고유 형태구조 원리에 의한 분리 방법으로써 세포내에 DNA는 일반적인 double-helix의 형태를 가지는 반면 plasmid는 supercoiled형태를 가짐으로써 pH변화에 따라서도 plasmid의 형태와 구조가 크게 변하지 않아 순수한 plasmid만을 추출하는 구조적 기본원리에 의한 방법이다. 실험 방법 .. Biology/미생물학 2019. 11. 16. 유전학실험 | 혈액을 통해 유전자 검사하는 과정 채혈 1. 소독을 위해 70% isopropyl alcohol이 권장되며 채혈할 부위를 중심으로 바깥쪽으로 원형을 그리듯이 닦아낸다. 소독약이 마르지 않았을 때 채혈을 하면 용혈이 발생하므로 소독약이 완전히 마른 후에 채혈을 실시한다. 2. 압박대는 소독약이 마른 후 채혈 직전에 사용하거나, 묶은 상태로 1분 이상 방치해서는 안된다. 3. 채혈은 바늘 굵기가 18-23G인 주사기를 사용하거나 상품화된 진공채혈관과 일회용 채혈바늘을 사용하여 실시한다. 4. 주사기를 사용하여 채혈할 때는 주사바늘의 사면이 위로 향하게 하여 채혈하고자 하는 정맥에 찌른다. 5. 정맥내에 주사바늘이 들어갔음을 확인하고 지혈대를 푼 후에 혈액을 채취한다. 이때 혈액채취를 빨리하면 피가 잘 나오지 않거나 적혈구가 용혈되는 경우가 .. Biology/유전학 2019. 10. 28. 생화학실험 | PCR & DNA Gel Electrophoresis TIP 1. PCR을 이용하여 DNA를 증폭한 후 Agarose gel electrophoresis를 통해 DNA를 분리한다. 2. PCR의 원리를 이해하고 전기영동에 이용된 시약의 특성을 이해한다. PCR 유전자를 분석하고 연구하는데 있어서 가장 큰 문제점은 복잡한 전체 genome중에 연구 하고자 하는 유전자가 희귀하다는 것인데, PCR은 특정 DNA Sequence의 copy수를 기하 급수적으로 증폭시킬 수 있다는 점이다. 이러한 PCR을 소개하기에 앞서서 간단히 분자 생물학적인 사항을 review해 보면 먼저 DNA의 구성을 살펴보면, DNA는 다음과 같이 phosphate group(인산기) - sugar(당) - base(염기)의 세 가지 요소로 구성되는 nucleotide라는 모듈이 쌍으로 .. Biology/생화학 2019. 10. 18. 이전 1 다음 반응형
