반응형 생명과학실험 | 염화코발트에 의한 증산량(속도)측정 CoCl2 흡습지를 사용하는 방법은 증산량의 절대치를 측정할 수는 없으나, 같은 환경하 에서 자라고 있는 여러 가지 식물의 증산량을 비교하고자할 때 잘 쓰여진다. 여과지에 약 3%의 묽은 CoCl2 용액을 흡착시킨다음 건조시키면 밝은 청색을 나타내며 흡습지가 습한 공기에 노출되면 분홍색으로 변하는데 대기와 접촉시키지 않은 흡습지를 잎표면에 접촉시켰을 때 변하는 속도는 잎에서 일어나는 증산율을 나타내는 것이 된다. 실험 방법 1. 실험 과정 1) 야외에 나가서 증산율을 측정하고 싶은 식물을 선택한다. 2) CoCl2 흡습지를 꺼내어 불로 주변에서 CoCl2가 흡수한 수분을 완전히 파란색으로 될 때 까지 제거시킨다. 3) 2)의 CoCl2 흡습지를 1)의 식물잎에 올려 놓아 그 중앙부위가 분홍색으로 변하는 .. Biology/생명 과학 | 공학 2019. 12. 21. 생명과학실험 | gsGator와 DAVID를 이용한 gene set analysis Gene set analysis 인간을 오랜 시간 과학을 발전 시켜 생물의 gene sequence를 알아내는 단계까지 도달했다. 그러나 이 염기 서열의 나열만 가지고는 유의미한 정보를 얻어낼 수가 없었다. 그래서 각기 다른 발현을 하는 gene을 구분하고, 그 발현을 하는 염기 서열 묶어 gene set을 정리하였다. 이 정보를 바탕으로 임의의 gene이 가지는 gene set을 유추하여 그 기능을 알아보는 것을 Gene set analysis라 한다. Gene Ontology 여러 종에 걸쳐서 유사한 기능을 하는 gene과 gene product를 분류한 것이다. 이것을 데이터베이스화 하는 것을 Gene Ontology project라 한다. 이 project는 gene과 gene product의 용.. Biology/생명 과학 | 공학 2019. 12. 16. 생명과학실험 | Alexa 594(Tuj1)의 neural tube(신경관)에서의 발현 TIP 1. 항원-항체반응을 통해 내가 원하는 단백질이 어느 세포에서 나오는지, 어느 정도 얼마큼 나오는지 알아 볼 수 있다. 2. antigen-antibody reaction을 이용하여 Alexa 594(Tuj1)이 neural tube(신경관)의 어느 곳에서 발현하는지 알아보자. 면역조직화학법의 종류 면역조직화학적 검사방법은 직접법 (Direct Method) 과 간접법 (Indirect Method)으로 크게 구분할 수 있으며, 간접법은 표지물질을 결합시킨 항체를 사용하는 표지 항체법 (Lable Conjugate Antibody Method)과 비표지 항체법 (Unlabelled Antibody Method)으로 구분된다. 간접법 가운데 가장 간단한 표지항체법은 일차항체에는 효소를 부착하지 않고.. Biology/생명 과학 | 공학 2019. 12. 9. 생명과학실험 | Antigen-antibody reaction을 통한 protein expression TIP Antigen-antibody reaction을 통하여 protein이 cell 내의 어느 곳에서 발현하는지 알아보자. 면역조직화학법의 원리 면역조직화학적 검사를 이용하여 검출하는 항원은 분자량이 5,000정도인 단백, 다당류, 핵산 등의 고분자 물질이다. 항원에는 항체를 식별하는 특정한 부위가 있는데, 이를 항원 결정부위 (epitope) 라고 부르며 분자량 5,000에 대하여 한군데가 있는 것으로 알려져 있다. 즉, 분자량 이 20,000이면 4개 정도의 항원 결정부위가 있다. 항원에 결합하는 항체는 혈청내의 면역글로블린 (Immunoglobulin, Ig) 이라 부르는 단백질에 존재한다. 면역조직화학에 이용되는 일차항체는 IgG 분자이며 항원과의 결합부위를 갖는 Fab(antigen bind.. Biology/생명 과학 | 공학 2019. 12. 5. 생명과학실험 | Differentiation of Osteoclast TIP 뼈 조직의 해부학적 관찰을 통하여 osteoclast(조골세포)의 분화에 대하여 이해해 보자. Osteoblast(조골세포) & Osteoclast(파골세포) 뼈의 성장, 유지, 그리고 보수를 위해 중요한 두 가지 bone cell이 있다. 첫 번째는 osteoblast이다. Osteoblast는 단핵 세포로써 뼈를 형성하며 extracellular organic matrix과 Ca2+(PO4)2을 분비하여 결정화를 촉진시킨다. 즉, 척추동물의 경을 만드는 세포로서 세포 밖으로 골질을 분비하고 스스로는 골질에 싸여 골세포로 변한다. 섬유모세포에서 분화한 것으로 분열능력이 크다. 그러나 노화된 뼈에서는 그 수가 감소한다. 두 번째는 osteoclast이다. 파골세포로써 골성분을 파괴하며, 골의 재흡.. Biology/생명 과학 | 공학 2019. 12. 1. 생명과학실험 | 뼈 조직의 해부학적 관찰 TIP 1. 뼈 조직을 해부학적으로 관찰하기 위해서 histology 과정을 수행함으로써 쥐에서 얻은 다리 조직을 현미경을 통해 관찰할 수 있도록 제작하도록 한다. 2. 또한 이를 통해 histology 방법을 익히도록 한다. 인간의 신체 구조 중에 약 15%에 달하는 부분을 뼈가 차지하고 있다. 이렇듯 뼈는 신체의 많은 부분을 차지 하고 있는데, 뼈의 기능으로 인하여 인간은 살아가는 데에 많은 도움을 받고 있다. 뼈의 기능은 크게 5가지로 나눌 수 있다. 첫 번째는 신체 지지 기능이다. 예를 들어 목 바로 뒷부분에서 시작되어 엉덩이 부근까지 연결된 척추 뼈는 인간이 직립할 수 있도록 우리 몸 전체를 지지해 주는 역할을 하고 있다. 이렇게 뼈가 인간의 몸을 지지해 줌으로써 두 번째 기능인 운동 기능을 수.. Biology/생명 과학 | 공학 2019. 11. 25. 생명과학실험 | Simple tandem repeat를 이용한 인간유전형 분석 개인은 동일한 형태인 상동염색체라 하는 chromosome을 1쌍씩 가지고 있다. 여기서 같은 function을 갖는 유전자는 한 위치에 일정하게 존재하는데 이것을 locus라고 한다. 상동염색체는 한 쌍의 유전자이기 때문에, 개인의 형질을 결정하는 locus는 각 한 개씩 두 개가 있다. 이 두 개의 locus에 있는 유전자를 합쳐서 allele라 한다. 이 allele는 개인마다 서로 차이를 가지므로 이러한 차이를 집단크기로 분석하여 allelic variation을 조사할 수 있다. Allelic variation을 간단하게 조사하는 데에는 STR(simple tandem repeat)을 이용하는 방법이 있다. STR은 DNA에서 2개 이상의 nucleotides나 simple sequences가 .. Biology/생명 과학 | 공학 2019. 11. 22. 생명과학실험 | RNA interference 기법을 이용한 유전자 발현 억제 TIP 1. 유전자의 기능을 연구하기 위한 가장 효과적인 방법인 유전자를 유전체(genome)로부터 제거한 뒤 관찰하는 것을 가능하게 하기 위해서 small interfering RNA를 이용하여 유전자의 발현을 억제시키는 방법을 배워본다. 2. 본 실험에서는 cell을 눈으로 볼 수 있도록 H2AX 단백질에 GFP 형광 단백질을 넣어주어 형광 단백질의 %를 이용하여 쉽게 관찰할 수 있도록 한다. RNA interference RNA가 이중나선 형태를 지니고 있을 때 나타나는 현상으로 이중나선 RNA가 mRNA를 분해하여 특정 유전자를 발현되지 못하게 하는 것을 의미한다. 즉, central dogma 를 일으키지 못하게 하는 것이다. 이중가닥 RNA는 다이서(Dicer)라는 단백질에 의해 인식되어 작은.. Biology/생명 과학 | 공학 2019. 11. 18. 생명과학실험 | Immunoprecipitation Immunoprecippitation(면역침강법) 특정 단백질의 존재를 확인하기 위해 그 단백질에 특이적으로 결합하는 항체를 사용하여 결합 시키는 방법이다. 이때 보통은 antigen-antibody 만을 넣어 특이적 결합을 시킨다 하여도 그걸 눈으로 확인할 방법이 없으니 그것을 위해 무거운 bead를 넣어 침전물이 발생하게 만든다. 이런 Immunoprecippitation의 방법에는 Individual protein immunoprecipitation (IP), Protein complex immunoprecipitation (Co-IP), Chromatin immunoprecipitation (ChIP), RNA immunoprecipitation (RIP) 등의 방법이 있으나 Chromatin i.. Biology/생명 과학 | 공학 2019. 11. 14. 생명과학실험 | Enzyme-linked immunosorbent assay TIP 실험을 통해서 어떻게 ELISA가 작용하는지 알아 보자. 또한 specific protein-protein interaction을 이해해 보자. Enzyme-linked immunoassay (ELISA, 효소결합면역흡착검사) antibody를 이용하여 색깔의 변화를 관찰하고 그 결과를 통하여 antigen이 sample내에 존재하는지를 판별하는 실험법이다. 이 실험 법은 indirect ELISA, direct ELISA, sandwich ELISA 이렇게 3가지 종류가 있다. 이제 이 세가지 실험법들이 어떻게 다른지에 대하여 알아보자. ELISA의 보편적인 실험 원리는 다음과 같다. Protein이 잘 흡착되는 well의 바닥에 알아보고자 하는 antigen이 들어 있는 sample을 넣고 흡.. Biology/생명 과학 | 공학 2019. 11. 10. 생명과학실험 | Specific activity and enzyme kinetics of alkaline phosphatase TIP 효소의 활성도를 흡광도를 이용하여 측정하는 방법과, specific activity의 개념을 이해하고, enzyme kinetics에서 기본이 되는 M-M equation과 Linear-burk equation을 이용행서 효소활성의 척도가 되는 Km,Vmax,kcat 등을 실험적으로 측정한다. Specific activity of Enzyme 단위 질량 당 효소의 활성을 말하며, 효소활성을 단백질의 단위중량당으로 나타낸 것. 일반적으로 활성의 단위는 비〔U/㎎〕로 나타낸다. 효소 이외의 불순한 단백질이 적을수록 비활성이 높아지기 때문에 효소정제의 척도가 된다. 효소의 정제 순도가 높을수록 specific activity가 증가한다. 실험 방법 1. Bradford assay (단백질 정량) 1) .. Biology/생명 과학 | 공학 2019. 11. 6. 생명과학실험 | Western blot analysis TIP 1. 항원에 대한 항체의 특이적 결합을 이용하여 protein 혼합물로부터 어떤 특정 protein을 분석하는 Western blot의 원리를 이해한다. 2. protein의 SDS-PAGE분리, protein의 gel로부터 membrane으로의 transfer, 항체반응 및 항체에 부착된 효소의 반응에 의한 발색반응 등의 실험기법을 습득한다. Western blot 정제를 할 때에는 이온 교환 형식만 가지고는 완벽하게 정제하기가 불가능 하다. 그래서 SDS-PAGE로 여러 protein이 섞인 것을 확인할 수 있다. 이제 그 안에 존재하는 protein 중에 어느 protein이 진짜 원하는 AP를 포함하고 있는지 확인해 보는데 이때 사용할 것이 Western blot이다. Western blo.. Biology/생명 과학 | 공학 2019. 10. 31. 생명과학실험 | SDS PAGE gel 제조 & Gel Loading & Coomassie Brilliant Blue Staining TIP 단백질을 SDS urea나 2-mercapto ethanol과 같은 환원제로 용해시킨 후, SDS로 (-)전하를 띄게 하여 size별로 분리 해 보자. SDS-PAGE Gel 제조시 각 materials의 역할 Buffer의 선택은 gel의 resolution에 영향을 준다. Buffer는 반응을 하지 말아야 하고, 대부분의 protein과도 반응을 하거나 protein을 변화시켜도 안된다. 이때 Tris-HCl buffer는 이러한 성질을 가장 잘 갖추고 있는 buffer이다. 또한 Tris-HCl buffer는 pH값을 원하는 값으로 안정 시켜 준다. 그 다음으로 알아 볼 buffer는 acrylamide이다. 이 buffer는 물에서 vinyl addition polymerization이라는.. Biology/생명 과학 | 공학 2019. 10. 24. 생명공학실험 | Cell Transformation TIP Transformation을 통해 E.coli 에 원하는 DNA를 주입한다. Competent cell E. coli를 포함한 대부분의 박테리아는 일반적인 환경에서 극히 제한된 양의 DNA만을 받아들인다. 이러한 종류를 효과적으로 transformation 하기 위하여 박테리아는 DNA를 받아들이는 능력을 향상시키는 물리적, 화학적 형태의 처리가 필요하다. 정상적인 bacteria cell에 이러한 물리적, 화학적 처리를 하여 외부의 DNA가 잘 들어갈 수 있도록 만든 cell을 competent cell이라고 한다. Competent cell로 만드는 방법으로는 우선 37℃가 아닌 18℃에서 cell을 키우면 세포막을 빽빽하게 못 만들게 된다(heat shock). 그 후에 칼슘이온으로 처리해서.. Biology/생명 과학 | 공학 2019. 10. 19. 생명공학실험 | Lowry 법을 이용한 단백질 정량 식품중의 단백질은 탄소, 수소, 산소의 각 원소 외에 반드시 일정량의 비율로 질소를 함유하고 있다. 특히 질소는 지방이나 탄수화물 등 식품의 다른 중요 성분에는 포함되어 있지 않으므로, 식품중의 단백질 정량은 전질소량을 정량하고 그 값에 일정의 계수를 곱하여 조단백질의 양을 구한다. 가장 널리 사용되어지는 정량법의 한 가지로서 감도도 좋고, column chromatography에 있어서 단백질의 정량에 적합하다. 또한 이하에 나타낸 물질이 혼재하여도 정량치에 영향을 주지 않는다. 본 법의 원리는 알칼리성에서 단백질의 펩타이드 결합과 구리가 반응해 구리 이온을 생성하는 뷰렛 반응 원리를 이용한 실험이다. 구리 이온은 방향족 아미노산의 산화를 유도하여 인몰리브덴산(인덩스덴산)이 단백질 중의 트립토판과 티록.. Biology/생명 과학 | 공학 2019. 10. 16. 생명공학실험 | 입자추적기법을 이용한 세포역학 TIP 1. 디지털현미경을 활용한 운동 분석 기법 습득 2. 단세포의 운동을 공학적으로 분석 세포이동중의 세포돌출 1. 세포돌출중의 액틴 중합 선단부의 돌출은 액틴과 관련된 단백질(A게2/3화합물)과 액틴 절단 단백질(ADF, cofilin, gelsolin)에 의해 조절되는 액틴중합에 의해 주로 구동된다. Arp 2/3 화합물은 이동하는 세포 선단부에 집중되어 수지상 핵형성과 액틴 섬유의 분기를 유발한다. 액틴에의 cofilin 결합은 기존의 액틴 섬유를 절단하고, 액틴-cofilin 결합의 분리와 serine-3 에서의 cofilin 인산화는 액틴증합을 증진시킨다. 또 다른 액틴 절단 단백질의 gelsolin 역시 섬유하세포의 이동에 필요하다. Gelsolin을 제거하면 F-actin 함량을 증가시키.. Biology/생명 과학 | 공학 2019. 10. 12. 생명과학실험 | Alkaline phosphatase의 정제 TIP Ion-exchange chromatography에 의한 단백질 정제 원리를 이해하고, DEAE anion exchange column을 이용한 AP 단백질의 정제기법을 습득하게 된다. Alkaline Phosphatase(AP) Phosphatase는 인산화 되어 있는 분자에서 인산기를 제거하는 효소이다. 대개 생체내의 효소는 특정한 기질과만 반응하는 기질 특이성을 지니는데, AP같은 경우에는 특정한 기질과만 반응하지 않는 nonspecific phosphatase에 해당한다. 이름에 alkaline이 붙는 이유는 이 효소가 작용할 수 있는 최적의 환경이 염기성이기 때문이다. AP는 보통 homo-dimer로 작용하며 크기는 140-160 kDa정도이다. (-)charge를 띠며, 75～85℃의.. Biology/생명 과학 | 공학 2019. 10. 9. 생명과학개론 | DNA가 유전물질이라는 실험적 근거 그리피스의 폐렴 쌍구균의 형질전환 실험. 폐렴쌍구균은 당으로 구성된 외벽을 가지는 병원성 S형과 외벽을 가지지 않는 비병원성 R형이 있다. 열처리하여 비병원성으로 만든 S형과 본래 비병원성인 R형을 섞어 생쥐에 주사하면 생쥐는 폐렴으로 죽게된다. 이렇게 죽은 생쥐에서 살아있는 병원성 S형이 검출되었고, 보다 정교한 실험에서 S형의 DNA가 R형을 살아있는 S형으로 전환시켰다. 이를 형질전환 (transformation)이라 하고 이것을 일으키는 형질전환원리 (transformation principle)가 DNA임을 여러 증거로 밝혔으나 당시에는 인정받지 못하였다고 설명한다. ▷ S형균 ――――――――――――→ 쥐 ―――――→ 죽음 ▷ S형균 + 열 ―――――――――→ 쥐 ―――――→ 삶 ▷ S형균 + .. Biology/생명 과학 | 공학 2019. 10. 5. 이전 1 2 3 4 다음 반응형
